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農水省は、平成23年度をメドに農薬の作物残留試験のＧＬＰ移行と試験例数の大幅増加を計画している。このため、農薬業界、農業、消費者、安全性 などの関係者や専門家から成る「農薬登録制度に関する懇談会」などを通じて意見を集約しながら法整備を急いでいる。今までの議論から、マイナー作物を除いてＧＬＰ 移行実施の方向性はほぼ固まり、試験の例数は主要作物が6〜8例、準主要作物が4例、マイナー作物は2例が農水省から提案されている。しかし、例数の最終的な決定を巡 って行政、業界、農業、消費者サイドの意見が交錯している。欧米並みの水準としたい行政や安心感を高めたい消費者側は試験例数を増やしことを主張し、農薬企業や農業 生産者サイドは例数を増やすのは負担が増えるだけだとして反発している。「高が例数ではないか」と云われるかも知れないが、この問題は意外に根が深いのである。

先ず、作物残留試験をＧＬＰで実施するためには、全ての試験をＳＯＰ（標準手順書）に従って信頼性保証システムの下で行い、データは定められた 期間保存しなければならない。このようなシステムを構築するためには、それなりの設備や要員の確保が必要である。すでに安全性試験等でＧＬＰシステムを構築している 民間企業ではともかくとして、地方自治体の試験場などではシステムを作り上げるためには時間と費用がかかる。農薬企業でも、すべての試験を自社の圃場で行うのは困難で、 畑や果樹園、あるいは環境条件が異なる地域での水田や畑を借りて試験を実施しなければならないこともある。そのため、試験実施のための経費も従来より増えることが 予想される。従って、投下費用が回収できる見込みが少ない作物分野では企業は登録申請を断念するケ−スが増加するであろう。その作物に使える農薬が無くなり、農家は 栽培を断念せざるを得なくなる。栽培可能な国産農産物が減るのは、食料自給率の向上に逆行することになる。

日本では、現在作物残留試験の例数は2例が必要であるが、米国では1〜20例、ＥＵではメジャー作物については南北２ゾーンで各ゾーン８例が要求され ている。農産物流通の国際化を考えると、日本だけ極端に少ない試験例数を維持するのは困難である。国は海外の富裕層を対象に国内の高品質農産物の輸出に力を入れようと している。そのためには、我国が食品安全性の維持に努力していることをアピールする必要がある。欧米並みに例数が増えればデータの統計処理が可能となり、信頼性が増す ことになる。

作物残留試験とは、農薬を作物に処理した後の収穫物に残留する農薬の許容レベルを決める目的で行われる。農薬が収穫物に残留する量は様々な因子が 絡み合って決定される。農薬の製剤の違い（水和剤、粉剤、乳剤など）、有効成分の性質の違い（環境条件で分解され易いか、安定性が大きいなど）、栽培作物の種類 （水稲、葉物野菜、果物など）、栽培方式の違い（施設栽培か露地栽培か）、農薬を処理してから収穫するまでの日数など多く因子によって残留レベルが変わってくる。 これらの全ての項目を個別の試験で確認するのは困難であり、無駄が多い。そこで、合理的に説明できる範囲内でデータを引用すること（読み替える）を認めて申請者の負担 を減らす方向で議論が進められている。例えば、水和剤と水溶剤など製剤間の読み替え、作物間の読み替え、農薬の使用時期、使用回数、使用量、希釈倍数など個別の試験 条件に関しても一定の範囲内での読み替えを認めることになろう。

上記の中で、作物間の読み替えが出来るようにするために、現在１５のグループ（作物群）が設けられている。例えば、「ベリー類」ではブルーベリー で得られたデータはラズベリーに適用可能であり、改めてラズベリーで試験を実施する必要は無い。

更に、水稲用除草剤、水稲育苗箱処理剤、野菜の種子処理剤のように収穫期での作物残留が明らかに少ないことが予想される場合や使用基準の2倍量以上 を使用しても残留が認められない場合などでは、試験例数が少なくてもよいであろう。

これまでの議論を通じて気になるのは農家の目線に立つ考え方が欠如していることである。作物残留試験のＧＬＰ移行と例数増が動き出せば、市場から 姿を消す農薬が間違いなく増えるであろう。農薬の開発コストが上昇するので、販売価格もアップすることになろう。農家は使える農薬が減るので場合によっては栽培を断念 せざるを得なくなる。もう一つは、残留農薬に対する日本特有の嫌悪感である。残留基準値は、その食品を毎日食べ続けても健康に影響が出ない量として規定されている。 従って、基準値が0.01ppmの作物に0.02ppm残留していたとしても健康に対する悪影響は考えられない。それなのに、国はその作物の廃棄と流通から回収を指示する。栽培農家 は意図的でなくても大損害を蒙り、産地はマスコミにたたかれ、風評被害で苦しむことになる。本来ならば、行政が直ちに安全宣言を出してその農産物の流通を続けさせても よく、該当農家には「イエローカード」を出して問題が再発しないように指導すればよいのである
（2008年8月6日）。